1999年5月9日，菲律宾海军将一艘舷号为57的坦克登陆舰“马德雷山脉”号开入仁爱礁，以船底漏水搁浅需要修理为由停留在礁上，此后一直以定期轮换方式驻守人员，再未离开。中方进行了反复严正的外交交涉。同年11月3日，菲海军又如法炮制，派出另一艘淘汰军舰，以机舱进水为由在黄岩岛潟湖东南入口处北侧实施坐滩。此次中方不可能再相信菲方谎言，施加了强大外交压力。菲时任总统艾斯特拉达下达命令，菲军方11月29日将坐滩军舰拖回到码头。

　　在此期间，中国政府着眼于管控、稳定局势，维护中国与东盟关系大局，对菲、越、马等国进行了坚持不懈的外交努力，特别是与菲律宾进行了多轮磋商，推动局势走向缓和。1999年3月，中菲关于在南海建立信任措施工作小组首次会议在马尼拉举行。此后，双方又举行多次磋商， 同意保持克制，不采取可能导致事态扩大化的行动。

　　东盟高度关注南海局势，也与中国进行了多轮磋商。各方还进行过专题1.5轨闭门对话，就领土争议和海域划界进行深入探讨，中国大陆和台湾都参加，其中一个重要共识就是，南沙争议错综复杂，解决难度大，但应该坚持和平谈判解决，中方提出的“搁置争议”是最可行的选择；并且认识到，在岛礁领土主权争议解决之前，海域划界难以推进，保持模糊是明智的选择，同时应该鼓励推进 “共同开发”。这些讨论为日后中国与东盟寻求共识提供了基础。1998年东盟峰会通过了旨在推进东盟一体化的“河内行动计划”，其中提出要“推动在争端当事方之间建立‘南海地区行为准则’”。 (注8)出于增信释疑和睦邻友好的考虑，中方原则上同意与东盟就“行为准则”进行磋商。(注9)

　　2000年3月15日，中国与东盟在泰国举行非正式磋商，交换了各自起草的“准则”文本。由于各方在约束效力方面有较大分歧，中越对涉及范围也争执不下，“准则”的制订并不顺利，后来的数次磋商均未取得明显进展。

　　2002年7月，在文莱斯里巴加湾市第35届东盟外长会上，马来西亚为了打破僵局，提议以一个妥协、非约束性的“宣言”取代“准则”，得到东盟外长会接纳，会后发表的联合声明表示，东盟将与中国保持密切合作，为达成“宣言”而努力。(注10)此后数月间，中国与东盟进行了密集的沟通和协商，达成了《南海各方行为宣言》(DOC)。是年11月4日，由时任中国副外长王毅与东盟十国外长在柬埔寨金边第八届东盟峰会期间共同签署。

　　《南海各方行为宣言》(以下简称《宣言》)共有十条内容，主要是确认促进南海地区和平、友好与和谐的环境，承诺根据公认的国际法原则，包括1982年《联合国海洋法公约》，由直接有关的主权国家通过友好磋商和谈判，以和平方式解决领土和管辖权争议，而不诉诸武力或以武力相威胁；承诺在南海的航行及飞越自由；承诺保持自我克制，不采取使争议复杂化、扩大化和影响和平与稳定的行动，包括不在现无人居住的岛、礁、滩、沙或其他自然构造上采取居住的行动，并以建设性的方式处理分歧；同意在各方协商一致的基础上，朝最终达成制定南海行为准则的目标而努力。(注11)各方磋商《宣言》的焦点是南沙岛礁归属争议，主要是着眼于防止岛礁争议失控，防止新的占岛、控岛行为。

　　值得注意的是，各方在《宣言》临近签署时在争议地区称谓问题上出现困难。东盟多数国家习惯使用英文“SPRATLY ISLANDS”(“斯普拉特利群岛”)指代南沙群岛，但不反对中方自行使用中文“南沙群岛”和英文“NANSHA ISLANDS”。越南坚持使用“黄沙、长沙群岛”(即中国西沙、南沙群岛)称谓，而中国从未承认西沙群岛存在争议，《宣言》讨论也不涉及西沙群岛，中方不能接受越方无理要求。但在各方持久僵持不下的情况下，为了顾全大局，中方同意在《宣言》中使用了“南海各方”“南海的航行及飞越自由”“南海行为准则”等笼统表述，对于岛礁争端也只是泛泛表述为“不在现无人居住的岛、礁、滩、沙或其他自然构造上采取居住的行动”，没有具体到南沙群岛。《宣言》为南沙争议降温和地区稳定做出重要贡献。但“宣言”涵盖范围称谓上的模糊化处理为南沙争议泛化为南海争议埋下伏笔，在后来的年月里，“岛争”与“海争”的概念更加混淆，在其他因素的推动之下，局部的南沙岛礁和附近海域划界之争存在进一步向全面的南海争议扩展的风险。