冷战结束初期，美国在南海的政策是不对各方领土要求的合法性做出判断，只是强调用和平手段解决领土纠纷，同时关注南海的航行自由。在当时的全球安全格局中，由于中美关系的改善和台海两岸关系的缓和，亚洲不构成美国关注重点。南沙偶然发生的争端也没有改变美国在主权问题上不选边的立场，美方强调的是各方以和平手段解决领土争端。 (注12)

　　总体平静但暗流涌动的十年

　　《宣言》签署后的10年，事实上只有中国基本遵守了其规定和原则，未采取使争议扩大化的行动，并且积极推动海上和平合作和共同开发。然而，越、马、菲等国从一开始就没有全面和认真地落实《宣言》，不断对所占据岛礁改建和扩建，加强行政管理，加紧油气资源开采，不时抓扣中国渔民等，这些国家的一个共同指向，就是固化非法侵占所得，否定存在争议，而不是“搁置争议”。而这些做法不断刺激中国国内民众和舆论的反感情绪，使得他们对南沙问题的关注热度不减。

　　其中，越南方面最为活跃。2003年4月，越南举行“解放南沙”28周年纪念大会，6月与印尼秘密签订大陆架划界协定；2004年4月，首次组织旅游者前往南沙观光旅游；2005年初，在行政版图调整中将中国的西沙、南沙群岛作为行政县分别编入越岘港市与庆和省；2006年初，与马来西亚设立海军热线以协调解决南海资源开发、岛礁主权争议问题，4月进一步划定南沙油气招标区块，并宣布与外国企业合作在南沙修建天然气输送管道；2007年5月，租用俄勘测船对南海海域进行拉网式地质调查，6月宣布其在南沙占领的部分岛礁举行“国会代表”选举等。

　　马来西亚2003年4月先后派出4个海上作业编队共11艘勘测船在南通礁海域进行勘探测量活动，5月在弹丸礁附近海域举行国际海上挑战赛，并首次批准旅游船只赴榆亚暗沙经营旅游休闲项目；2004年11月发行将部分南沙岛礁标入马版图的邮票；2008年8月其国防部长率近80名记者登弹丸礁宣示主权。

　　菲律宾2003年4月在中业岛举行“卡拉延设市25周年”纪念活动；2006年6月启动中业岛机场跑道和其他设施修缮工程；2008年3月在所占岛礁设立卫星通信系统等设施。

　　不过，应当承认的是，在2009年以前，虽然各种摩擦不断，但南海局势总体上是可控的，局势复杂化的转折大约发生在2009年，这与联合国大陆架界限委员会关于提交200海里外大陆架界限信息的期限(2009年5月13日)有一定关系，而美国亚太战略的调整则是一个更大的刺激因素。

　　2009年1月，奥巴马政府甫一履新，即释放了将对小布什政府对外政策进行纠偏、把战略重点优先放在亚太地区的信号，这显然助长了部分争端方在南海与中国角力的信心。

　　2009年1、2月间，菲律宾国会参众两院通过《领海基线法案》，以国内法形式将中国的黄岩岛和南沙群岛部分岛礁划为菲领土。5月6日，越南、马来西亚无视在南海海域划界存在事实争议的情况，向联合国大陆架界限委员会联合提交200海里外大陆架划界案。7日，越方又单独提交南海外大陆架划界案，声称对中国西沙、南沙群岛拥有主权。这迫使中国也向联合国提交了中国关于200海里以外大陆架外部界限的初步信息，以防止自己的权益受到进一步损害。

　　中美在南海也开始出现摩擦，仅2009年，美国军舰与中国船只在侦察与反侦察过程中，至少发生了5起对峙摩擦事件。其中，最著名的当数“无瑕号”事件。

　　进入2010年，美国对南海的政策加快转变，表现出“选边站”的倾向。7月23日，美国时任国务卿希拉里•克林顿出席在越南河内召开的东盟地区论坛外长会，就南海问题发表讲话，宣称“自由利用亚洲共享海域”“在南中国海维护国际法”是美国的国家利益，强调各方要遵守国际法，反对使用武力或以武力相胁迫。根据她本人的回忆，“这些都是精心选择的措辞，是对早先中方声称其在本地区扩张性的领土要求属于‘核心利益’的回应。” (注13)此后，希拉里又多次就奥巴马政府的亚太政策以及南海问题发表针对性言论，而美国军方则大幅强化了在南海及其周边的力量存在和军事演习等动作。

　　为稳定南海局势，缓和东盟国家的紧张情绪，中国政府进行了艰苦的外交努力，取得一定进展。2011年7月，在印尼巴厘岛举行的10＋1外长会上，中国与东盟国家通过了落实《宣言》指导方针；中菲、中越在双边沟通中也曾达成了一定的谅解。但中国的努力未能对冲美国亚太战略调整带来的影响，更未能换来菲、越等方的克制。